Landgoed Niënhof grenst aan de Kromme Rijn en is omsloten door weilanden. In de Middeleeuwen bezat het nabijgelegen klooster Oostbroek hier een 'uithof', een boerderij. Daarnaast bouwden de kloosterlingen een nieuwe boerderij: een 'nien hof', in het Utrechtse dialect van die dagen. Het klooster ging ten onder door de Hervorming en de boerderij wisselde door overerving en verkoop vele malen van eigenaar, maar zijn naam heeft het gebied altijd behouden.

Het landgoed kenmerkt zich door weidegebieden en loofbos. Dit hoogopgaande essen- en eikenbos behoort uit plantkundig oogpunt tot één van de meest interessante bossen van de provincie Utrecht. Het zijn vooral essen die het beeld bepalen. Deze boomsoort laat veel licht door, waardoor er een rijke ondergroei is. Voorbeelden hiervan zijn de grote keverorchis en boszegge. Het gevarieerde bos is rijk aan vogels, zoals de ransuil, boomalk en veel spechten- en mezensoorten.  

Langs de Kromme Rijn is een rivierarm (een nevengeul) uitgegraven. Natuurlijke rivierprocessen als erosie en sedimentatie kunnen hier hun gang gaan. In de rivier liggen nu vijf eilanden, die snel begroeid zijn geraakt met wilgen en elzen. De houten beschoeiing langs de Kromme Rijn is (deels) verwijderd en op sommige plekken zijn de oevers glooiend gemaakt. Daardoor hebben water- en oeverplanten meer mogelijkheden gekregen. Veel dieren als de ringslang, smaragdlibel en de ijsvogel profiteren hiervan. In 1996 is op het landgoed een oude geul (een meander) uitgegraven die inmiddels door de provincie is aangewezen als aardkundig monument.