De natuurterreinen en historische gebouwen van Het Utrechts Landschap worden zorgvuldig beheerd en onderhouden. Inzet daarbij is behoud en versterking van de natuur- en landschapswaarden. Waar mogelijk laat Het Utrechts Landschap de natuur haar gang gaan. Meest uitgesproken is dit in de uiterwaarden van de Nederrijn. Onder invloed van de dynamiek van de rivier en begrazing door paarden en runderen vindt hier een spontane natuurontwikkeling plaats. Ook in enkele bossen wordt er bewust voor gekozen om geen beheer te voeren. In het grootste deel van de natuurterreinen is het noodzakelijk om een actief beheer te voeren. Dit geldt bijvoorbeeld voor graslanden, akkers, heidevelden en landgoederen. Hier wordt gemaaid, begraasd door runderen of paarden, geplagd en het bos wordt beheerd.